Transporto kompetencijų agentūra yra valstybės įsteigta viešoji įstaiga, kuri nuosavybės teise priklauso valstybei. Įstaigos savininko teises ir pareigas įgyvendinanti institucija yra Lietuvos Respublikos susisiekimo ministerija.
Siekiant sukurti profesionalią, inovatyvią, į verslo poreikius orientuotą aviacijos priežiūros sistemą buvo pertvarkyta Civilinės aviacijos administracija, šios įstaigos funkcijas perduodant dviem kitoms sektoriaus įstaigoms – BĮ Lietuvos transporto saugos administracijai ir VšĮ Transporto kompetencijų agentūrai (iki 2019 m. VšĮ Kelių ir transporto tyrimo institutas). Nuo 2019 m. VšĮ Transporto kompetencijų agentūros veiklos apima šias sritis: specialistų licencijavimą ir jų veiklos priežiūrą; aviacijos sektoriaus ūkio subjektų veiklos priežiūrą, akreditavimą ir licencijavimą; transporto ir susisiekimo komunikacijų planavimą; transporto ir susisiekimo komunikacijų stebėseną, tyrimus.
VšĮ Transporto kompetencijų agentūros veiklos tikslas – prisidėti prie visuomenės interesus atitinkančios Lietuvos susisiekimo sistemos kūrimo ir jai skiriamų valstybės išteklių panaudojimo priežiūros bei plėtros, užtikrinant aukščiausius kokybės, saugos ir saugumo standartus.