Už daugumą Transporto kompetencijų agentūros paslaugų, susijusių su bepiločiais orlaiviais, galima iš karto susimokėti registracijos sistemoje.
Už tas paslaugas, kurių apmokėjimas sistemoje negalimas, mokama iš anksto – t. y. dar iki paslaugos suteikimo. – mokėjimo pavedime nurodant paslaugos pavadinimą ir įmokos kodą.