Transporto kompetencijų agentūros veiklos apima specialistų licencijavimą ir jų veiklos priežiūrą, aviacijos sektoriaus ūkio subjektų veiklos priežiūrą, akreditavimą ir licencijavimą, taip pat kelių saugos stebėseną, eismo įvykių analizę ir avaringų vietų nustatymą.

Organizacijos veiklos tikslas – prisidėti prie visuomenės interesus atitinkančios Lietuvos susisiekimo sistemos kūrimo, užtikrinant aukščiausius kokybės, saugos ir saugumo standartus.